日本の森にすむリスです。昼に活動し、冬も冬眠せずに食べ物を探します。
背中は主に茶色で、腹は白く、尾には豊かな毛が生えます。冬の背中や尾は灰色みが強くなります。
森が小さく分断された都市でも、ニホンリスは隣の林へ移動します。岩手県盛岡市の都市周縁で、10頭のニホンリスを2016年5月から2017年11月までラジオ追跡した研究では、6頭による林の間の移動が47回記録されました。果樹園で隔てられた林の間では3頭が計21回、街路樹でつながった林の間では2頭が18回移動しました。幹線道路で隔てられた林の間の移動は1頭による5回だけでした。
結果から、果樹園や街路樹は林をつなぐ回廊として機能しうる一方、幹線道路は生息地のつながりを弱める可能性が示されています。1ha未満の小さな森にも暮らすリスが確認されている盛岡では、緑地の広さだけでなく、街路樹や果樹園を含めた配置が移動を支える手がかりになります。
環境省レッドリスト2020 · 絶滅のおそれのある地域個体群（LP） · 九州地方のニホンリス、中国地方のニホンリス（各地域個体群）
環境省レッドリスト2020は、「九州地方のニホンリス」と「中国地方のニホンリス」を「絶滅のおそれのある地域個体群（LP）」に挙げています。中国地方の調査では、2007年に山地363地点が調べられ、ニホンリスは東経133度30分より西では非常にまれで、鳥取県中部から東部では比較的よく見られました。