クロコメネズミは、コロンビア西部からエクアドル南西部のアンデス・太平洋側の森にすむネズミです。背は全体に暗く、毛色には地域差があります。この種の分類には再検討が必要とされています。
背の色は地域で変わりますが、全体として濃い色です。腹側は灰色の毛の先が淡い黄褐色で、黄みを帯びて見えます。尾や耳、足は暗褐色です。
地上で活動し、海岸近くから標高約2,300 mまでのアンデス山地と太平洋側の森林に生息します。コロンビアのチョコでは3月に繁殖中の個体が記録され、妊娠した1個体から2頭が生まれました。
絶滅のおそれの評価は、まだ掲載していません。