マスクオオコウモリは北モルッカ諸島に分布するオオコウモリです。2016年の研究では、ガグ島の個体群が別の亜種として記載されました。
ハルマヘラ諸島群の亜種では、背の毛先が銀白色からクリーム色で、首のまわりは黄褐色です。
ガグ島の亜種について、論文は4個体の記録を挙げ、そのうち1個体はココヤシ畑、3個体は谷地林で見つかったと記しています。
絶滅のおそれの評価は、まだ掲載していません。