グアテマラホオヒゲコウモリは、グアテマラのコバンで記載されたコウモリです。近縁のMyotis veliferから独立種として扱われるまでに分類上の議論がありました。
タイプ標本は近縁種Myotis veliferより小さく、皮膚は暗く、頭骨と歯にも違いがあると報告されています。
2004年の調査報告は、生息環境の特定には至らず、新たな証拠で本種の存在を確かめることもできなかったとしています。
絶滅のおそれの評価は、まだ掲載していません。