ヒメホオヒゲコウモリは、飛膜の血管模様で近縁種と見分けられます。栃木県日光の調査では、立ち枯れ木など複数の木を昼のねぐらに使っていました。
尾の膜から見える主な血管は、途中で折れ曲がる「犬の脚」のような形です。近縁のホオヒゲコウモリでは直線状になります。
栃木県日光で9頭を追跡した調査では、16本のねぐら木が見つかりました。立ち枯れ木や幹の太い木を選び、1〜2日ごとにねぐらを替えていました。
絶滅のおそれの評価は、まだ掲載していません。