湿地を利用する小型のアジサシで、繁殖羽では黒い頭と濃い灰色の下面が目立ちます。草を浮かせたり留めたりした巣を作り、オスとメスで子を世話します。
繁殖羽では頭が黒く、頬と首の側面は白く、下面は暗い灰色です。尾は浅く二又で、オスとメスは似ています。非繁殖羽では下面が白く、頭の黒色部に白い縞が入ります。
クロハラアジサシは湿地で、水面近くの植物に巣を固定します。スペイン東部バレンシア州の5湿地で2002〜2009年の繁殖を調べた研究では、18区域から663巣、1,618卵、777羽のひなが記録されました。8年間に94回の調査を行い、14の繁殖コロニーを確認しました。
卵の49％がふ化し、全卵の21.8％が巣立ちにつながり、ふ化したひなの29.1％が巣立ちました。巣は平均水深44.1センチ、25〜80センチの範囲に多く、巣の生存率は平均61.7％でした。水位変化の後に平均25.6％の巣、32.1％の卵、31.9％のひなが失われましたが、雨や捕食も損失に加わりました。繁殖成績は湿地や年により異なりました。
絶滅のおそれの評価は、まだ掲載していません。
営巣が始まった後に水位が急変すると、植物に固定された巣が水面より高くなったり水没したりして、卵やひなが失われることがあります。水位を管理できる湿地では、著者らは巣ができた後の1〜2日間に6センチを超える変化を避けるよう提案しました。